به گزارش فوتسال ۲٠۲٠، قرعه کشی مرحله دوم لیگ برتر فوتبال ساحلی فصل ۹۹-۱۴۰۰ در ساعت ۱۳ تاریخ ۱۰/۰۶/۱۳۹۹ به صورت مجازی با حضور نمایندگان تیم های لیگ برتر و مسئولین سازمان لیگ برگزار گردید و با قید قرعه گروه بندی به شرح ذیل مشخص شد:

گروه ۱

مقاومت گلسا پوش یزد

ملوان بندر گناوه

شهرداری بندرعباس

موج سواران ساحل نوشهر

گروه۲

پارس جنوبی بوشهر

شهریار ساری

سپاهان سمنان

صنعت فرش حداد اصفهان

شایان ذکر است مسابقات این مرحله به صورت مجتمع میگردد که نهایتا دو تیم برتر هر گروه جواز حضور در مرحله نهایی مسابقات را کسب خواهند کرد.ضمنا ۴ تیم  دریانوردان بوشهر - منطقه آزاد چابهار  -ایفا اردکان و شاهین خزر رودسر نیز مسابقات خود را به صورت مجتمع برای تعیین دو تیم سقوط کننده به لیگ دسته اول ساحلی در شهر یزد به میزبانی ایفا اردکان برگزار خواهند کرد.

مسابقات این مرحله از 19 شهریورماه آغاز می شود.